Vides nodaļas uzdevums ir vides aizsardzības pasākumu īstenošana Aizsardzības ministrijas valdījumā esošajos nekustamajos īpašumos un nozīmīgākie darbības virzieni ir piesārņojuma izpēte, monitorings un likvidācija, dabas vērtību izpēte un aizsardzība, vides aizsardzības prasību ievērošanas nodrošināšana un atkritumu apsaimniekošanas sistēmas sakārtošana, kā arī NBS vides pārvaldības sistēmas ieviešana un vides pārvaldības plānu izstrāde.
Atbildība par vides saglabāšanu ar katru gadu pieaug un apzinoties šī darba nozīmīgumu un ieguldījumu nākotnē, jau 2002.gadā AM valdījumā esošajos īpašumos tika apzinātas 34 potenciāli piesārņotas teritorijas, un kopš 2005. gada Centrs (līdz tam NBS Nodrošinājuma pavēlniecība un vēlāk Aizsardzības īpašumu valsts aģentūra) veic potenciāli piesārņoto teritoriju izpēti. Šobrīd ir izpētītas visas potenciāli piesārņotās vietas (kur nepieciešams, veikta detalizēta pirmssanācijas izpēte, tajā skaitā ģeoekoloģiskā izpēte, kas ietvēra piesārņojuma izpēti gruntī, pazemes un virszemes ūdeņos, tā veida, apjoma un izplatības noteikšanu; kā arī ekoloģiskā riska noteikšanu) un turpinās jau 2007.gadā aizsāktie vērienīgie sanācijas darbi Lielvārdes aviācijas bāzes teritorijā.
Lai nodrošinātu ekoloģisko drošību un ievērotu vides aizsardzības prasības, regulāri tiek organizēta grunts un gruntsūdens kvalitātes pārbaude degvielas uzpildes stacijās un urbumos, kas izvietoti piesārņotajās teritorijās.
Līdzīgi kā citu NATO valstu bruņotajos spēkos, arī Latvijas NBS tiek ieviesta vides pārvaldības sistēma. Vides pārvaldības sistēma ir NBS vispārējās vadības sistēmas sastāvdaļa, kas nosaka AM un NBS vides politikas ieviešanai, īstenošanai, pārskatīšanai un uzturēšanai nepieciešamos plānošanas pasākumus, atbildības sadali, pieredzi, procedūras, procesus un resursus. Centra Vides nodaļa līdzdarbojas vides pārvaldības sistēmas ieviešanā un vides pārvaldības plānu izstrādē, kā arī vides aizsardzības prasību nodrošināšanā NBS izmantotajos objektos.
Nozīmīgs ir darbs, kas tiek veikts atkritumu apsaimniekošanas sistēmas sakārtošanā. 2007. gadā NBS Nodrošinājuma pavēlniecības 3. Reģionālā nodrošinājuma centra (NBS NP 3.RNC) teritorijā tika uzbūvēta ekostacija – šķiroto atkritumu uzglabāšanas laukums. Ekostacija palīdz iekļauties valsts atkritumu apsaimniekošanas sistēmā, pārejot uz atkritumu šķirošanu valstiskā līmenī, optimizējot atkritumu savākšanu un izvešanu no NBS NP 3. RNC. 2009.gadā uzsāka projekta izstrādi šādas ekostacijas būvniecībai NBS 1.RNC Liepājā un 2010.gadā paredzēts uzbūvēt ekostaciju gan NBS 1.RNC Liepājā, gan NBS 2.RNC Lielvārdē.
Liela uzmanība tika veltīta dabas vērtību izpētei un aizsardzībai Latvijā unikālā teritorijā – Ādažu poligonā. Šī teritorija savas bioloģiskās daudzveidības un dabas vērtību dēļ iekļauta Eiropas Savienības aizsargājamo dabas teritoriju tīklā «Natura 2000». No 2006.gada 1.novembra līdz 2009.gada 31.decembrim sekmīgi tika īstenots Eiropas Komisijas finanšu programmas «LIFE Daba» projekts «Bioloģiskās daudzveidības atjaunošana militārajā poligonā un «Natura 2000» teritorijā «Ādaži»» (LIFE06NAT/LV000110), kas devis lielu ieguldījumu gan šīs teritorijas dabas vērtību apsaimniekošanā un bioloģiskās daudzveidības saglabāšanā, gan sabiedrības un militārpersonu izglītošanā. Vairāk par LIFE projektu „Ādaži” uzzināt un ar tā rezultātiem iepazīties var projekta mājas lapā www.adazinatura.lv .
Centra Vides nodaļa regulāri izstrādā ar vides aizsardzību saistītus dokumentus aizsardzības sistēmas ietvaros, kā arī sniedz atzinumus par Latvijas Republikas un Eiropas Savienības vides normatīvajiem aktiem, kā arī iesaistās militārpersonu izglītošanā par vides un dabas aizsardzības jautājumiem. Lielu ieguldījumu vides apziņas celšanā dod arī Vides nodaļas organizētās talkas un atvērto durvju dienas Ādažu militārajā poligonā.